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两者是同一个证件，在2016.10.1日《食品经营许可管理办法》颁布实施后，食品流通许可证改为食品经营许可证，在当地食品药品监督管理部门办理。第十一条 申请食品经营许可，应当符合下列条件：（一）具有与经营的食品品种、数量相适应的食品原料处理和食品加工、销售、贮存等场所，保持该场所环境整洁，并与有毒、有害场所以及其他污染源保持规定的距离；（二）具有与经营的食品品种、数量相适应的经营设备或者设施，有相应的消毒、更衣、盥洗、采光、照明、通风、防腐、防尘、防蝇、防鼠、防虫、洗涤以及处理废水、存放垃圾和废弃物的设备或者设施；（三）有专职或者兼职的食品安全管理人员和保证食品安全的规章制度；（四）具有合理的设备布局和工艺流程，防止待加工食品与直接入口食品、原料与成品交叉污染，避免食品接触有毒物、不洁物；（五）法律、法规规定的其他条件。第十二条 申请食品经营许可，应当向申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门提交下列材料：（一）食品经营许可申请书；（二）营业执照或者其他主体资格证明文件复印件；（三）与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件；（四）食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。利用自动售货设备从事食品销售的，申请人还应当提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点，经营者名称、住所、****、食品经营许可证的公示方法等材料。申请人委托他人办理食品经营许可申请的，代理人应当提交授权委托书以及代理人的身份证明文件。第十三条 申请人应当如实向食品药品监督管理部门提交有关材料和反映真实情况，对申请材料的真实性负责，并在申请书等材料上签名或者盖章。
流通许可证和食品经营许可证是一样的吗
食品流通证和食品经营许可证区别主要是使用范围不一样，食品流通许可证是做食品批发、零售需要办理的。食品经营许可证是包括不需要拿食品生产许可证的小作坊、餐馆、糕点铺和经营批发、零售的商店等。目前，食品流通许可和餐饮许可合并为食品经营许可。食品经营许可证代替食品流通许可证。
《食品经营许可管理办法》
第一条为规范食品经营许可活动，加强食品经营监督管理，保障食品安全，根据《中华人民共和国食品安全法》《中华人民共和国行政许可法》等法律法规，制定本办法。
第二条在中华人民共和国境内，从事食品销售和餐饮服务活动，应当依法取得食品经营许可。食品经营许可的申请、受理、审查、决定及其监督检查，适用本办法。
第三条食品经营许可应当遵循依法、公开、公平、公正、便民、高效的原则。第四条食品经营许可实行一地一证原则，即食品经营者在一个经营场所从事食品经营活动，应当取得一个食品经营许可证。
《国家食品药品监督管理总局关于启用食品经营许可证的公告》第一条原食品流通、餐饮服务许可证有效期未届满的继续有效；食品经营者在原食品流通、餐饮服务许可证有效期内申请更换为食品经营许可证的，许可机关应按照有关规定予以更换；原食品流通、餐饮服务许可证有效期届满，由原发证机关予以注销。
不一样，食品流通许可证和食品经营许可证的区别在于
：1、法律效力不同。食品流通许可证已经被取消，不具备法律效力。食品经营许可证是现行使用的许可证。
2、管理部门不同。食品流通许可证最早由工商部门管理，而食品经营许可证是由食药监部门管理。
3、办理营业执照不同。食品流通许可证可以在营业执照办理之后办理，而食品经营许可证必须在取得营业执照之前办理。
办理食品流通许可证的费用
1：食品流通许可证；办理食品流通许可不收取费用(北京市《如何办理食品流通许可》）。
2：食品流通许可证；检验费用： 按照各省标准执行。
3：食品流通许可证；咨询服务费用:按咨询机构标准执行,一般为1.5-1.8万元。包括企业标准备案咨询费用
法律依据
《食品经营许可管理办法》
第二条 在中华人民共和国境内，从事食品销售和餐饮服务活动，应当依法取得食品经营许可。 食品经营许可的申请、受理、审查、决定及其监督检查，适用本办法。
第一条 为规范食品经营许可活动，加强食品经营监督管理，保障食品安全，根据《中华人民共和国食品安全法》《中华人民共和国行政许可法》等法律法规，制定本办法。
第三条 食品经营许可应当遵循依法、公开、公平、公正、便民、高效的原则。
第四条食品经营许可实行一地一证原则，即食品经营者在一个经营场所从事食品经营活动，应当取得一个食品经营许可证
第九条 申请食品经营许可，应当先行取得营业执照等合法主体资格。
企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等，以营业执照载明的主体作为申请人。
机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位、企业等申办单位食堂，以机关或者事业单位法人登记证、社会团体登记证或者营业执照等载明的主体作为申请人。
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